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Markdown 引用文獻 Citation 與Reference方法

在文章段落中加入各種相互參照,是zettelkasten重要的作法,不僅讓自己可以在自己的筆記相互參照,在寫作學術文章也是重要的技能。此外,不僅僅是學術文章,我們在寫一般的部落格文章,若能夠增加站內文章的相關參考自我引用,對於提供網站SEO也是即有幫助的作法。

我們在markdown筆記中要呈現相互參照,有幾種住要的作法。最主要的作法有下列兩種:Inline citation, Bibliography Citation。下面我們就來介紹ㄧ下這兩種方法,在markdown上如何呈現:

Inline Citation

我們最常使用的inline citation,主要是直接把段落中的文字變成超連結,並加上超連結的功能。可以讓我們直接點選文字就可以連結到該連結。Markdown針對這種方式提供了三個作法。

Wiki link:

item Link

  • item link是Devonthink的專門連結方式,相較wiki link比較穩定,不會因為檔案名稱更改而失效。
  • 使用方式有類似一般的markdown引用格式:[引用](連結)
  • 範例:這句話引用Markdown 引用文獻 Citation 與Reference方法在段落中。

inline citation

  • 第三種方式類似上述兩種,卻可以把被引用的連結放置在文章最後面。可以讓版面不會被一堆markdown link所佔領。
  • 語法:[引言][1],文章最後面再加上 [1]: [標題](連結)
  • 範例:這句話引用Markdown引用文獻Citation與Reference方法
  • 這個方法只會讓段落中出現inline citation,但是不會在最後形成bibliography。

Bibliography type Citation

句末符號 citation remark

  • 類似論文的citation方式,在需要引用文章的後面加上[^1],並在文章後面加上[^1]: [引言](連結)。這個方式會在句末加上上標 ^1,並在文章末加上參考文獻列表。
  • 這個方法也可以很方便的節省markdown文章空間,減少因為連結語法造成的版面混亂。
  • 範例:這句話引用這個文章。[1]

結論:

不管我們使用上述哪一種做法,在我們寫作或記錄筆記的過程中,可以多引用多參考其他文獻,我們就可以讓我們的思考建立更多連結,也讓我們的文章更連貫更有系統。在網路文章這種站內連結,更可以有效提升SEO,與在搜尋引擎的可見度。大家可以參考上面的方式,試試看這樣的作法。

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你是否在在搜尋研究主題或者文獻收集時,在各種研究平台跳轉來去?是否不斷的在搜尋條件中來回徘徊?這個由Devontechnology 開發的強大搜尋工具DevonAgents可以幫點忙。過去我主要搜尋醫療的文獻,因此主要在Google scholar與Pubmed中遊走。最近因為接觸資訊領域的文章,常常需要跨領域的搜尋。Google scholar與PubMed找到的文章內容就顯的侷限。因此開始廣泛使用DevonAgents來進行我的研究的第一步:Literacture Review。

下面簡單介紹ㄧ下,我目前怎麼使用DevonAgents,以及如何與Devonthink搭配呢?

DevonAgent 主要特色:

  • 可以準確搜尋,類似google的一些搜尋語法。
  • 可以搜尋Devonthink資料庫
  • 可以在同一介面搜尋不同資料庫(如Pubmed, Google. Googleschoar等)
  • 可以快速貯存搜尋條件(包含所搜尋的keywords以及目標資料庫)
  • 可以快速將摘要或內容轉存到Devonthink。
  • 與Devonthink相同強大的See Also

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Bookend 其實也有提供URL scheme,但是我更常使用Devonthink的連結來處理檔案。因此有效的串連兩個資料庫,可以夠有效的利用文件。

過去如果我要在兩邊找一個文章,我需要用search的方式來尋找,不管是在Bookend或者Devonthink中搜尋,總是需要好幾個步驟。

自從有了Hook可以快速建立連結後,我開始思考如何利用Hook來連結兩個資料庫。不過在網路上找不到現成的Apple script來處理,因此我想到了利用Keyboard maestro 加上Alfred+ 來處理。

前置步驟:

  • 你必須要有bookend 與Devonthink,也必須有Alfred +powerpack以及 keyboard Maestro。
  • Alfred 中安裝 Devonthink 延伸workflow(David Mohl版)(雖然Charles Ma版本功能較齊,但是在後續處理會有問題)

KeyboardMaestro 語法:

語法整個有點複雜,這邊敘述幾個重點:

  1. 在Bookend 中copy 附件檔案名。
  2. 開啟Alfred輸入”ds 文章名”,alfred 會開始搜尋Devonthink資料庫。
  3. 開啟Devonthink中的對應文件。
  4. 啟動Hook 複製連結。
  5. 回到bookend 啟動Hook 將兩個檔案連結。

操作示意圖

  1. 我個人的版本包含了一些鍵盤滑鼠的操作,因此設定了一些時間差的暫停,以避免自動化的問題。
  2. 整體雖然還不像使用有些使用Apple script的自動化一般快速,但是對於不會寫Apple script的人來說應該算是很好用了。

SeeAlso

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本文參考:

1. Using Hook with DEVONthink by DEVONtechnologies — Hook

2. Hook Productivity

修正Hook and Devonthink Create Note

這個檔案hook 到Hook 官方網頁有關Devonthink 與hook 連接的網頁:

  1. 使用Hook create new note 來創造新的connected note來註解原始檔案。
  2. 原本預設的檔案格式是rtf,我已經改成 Markdown比較符合我的設定 設定的畫面在Preference中的script,找到Devonthink頁面,選最右邊的new item。下面就可以編輯apple script。整個作法是呼叫apple script來達成的。
  3. 把語法改成下列格式,就可以實現直接Create Markdown 筆記了。

實際使用

個方法可以取代在Devonthink中建立Annotation,連結建立在Hook中,不用擔心同步後Devonthink Annotation連結喪失。更可以跨Mac保留連結。

  • 使用Hook 打開目標文件,不僅是在Devonthink中的文件,也包含外部網頁、程式或在其他程式中的文件。

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自從從Evernote搬家到Devonthink後,我已經徹底改用Markdown個是來做日記。雖然Markdown格式簡單乾淨,使用一些語法也可以達到不錯的效果。但是過去使用Evernote,把日記寫的圖文並茂的體驗卻消失了。

這幾天因為開始學習一些專案的拆解,找到了OmniOutliner這個軟體。雖然過去有一段時間曾經試用,但是當時出發點是要找Draft App的替代方案,相較之下Outliner與draft 確實不是同一種產品。因此這樣的比較,不意外的沒有正面的評價。參考這篇文章

這一次以尋找Project 拆解以及寫作的概念出發,還真的將outliner玩出一個新花樣,也真正的能夠在我的workflow中扮演一定的角色!

後續我再接再勵,嘗試把日記也更換成Outliner格式,效果意外的好!

然而還是有一些優缺點需要來比較ㄧ下,下面針對兩個格式優缺點來做ㄧ下比較!(強調ㄧ下,這邊所比較的markdown是使用devonthink的使用體驗,有些人使用obsidian或類似typora可能有所不同。)

Outliner 格式

  • 較美麗且多種的格式,多種預設的主題可以改變。markdown只能整體改變呈現格式。
  • 所見及所得。markdow必須開兩個視窗!
  • 條列式較強
  • 可以使用outliner的URL 連結,進行快速切換。如: omnioutliner:///open?focus=oH_yt0FVDuw&row=oDCnPSfUH5x。(
  • 圖片可以直接貼上,不用分開存檔。(可以用照片呈現或者用icon呈現)
  • 打字順暢。在Devonthink容易lag。
  • 無法使用Latex模式(使用OmniOutliner解決方案:在Devonthink寫出latex 公式,在貼過來。)

Markdown

  • 可以在devonthink 中應用 section-link。
  • 檔案較小 (以這個檔案為例:Markdown才2.2kb,但outliner檔高達467kb)
  • 可以直接在devonthink中編輯,不用另外開軟體。
  • 圖片可以使用markdown link的格式,比較省空間。
  • 可以使用Latex數學格式

結論:

  • Outliner勝在外觀與體驗
  • Markdown勝在連結與簡單

因此,暫時改用Outliner來做筆記與日記,再進一步觀察囉!

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這週末在醫學會給了一場醫療品質的演講,其中我整理了一些品質改善的一個歷程。對於一個醫療專業人員,我們要從Do the Right thing Right開始,延伸到針對「對」的病人把對的事作對!

但是到團隊的階層,我們要能橫向擴展到把「對的事」延伸到「所有對的病人」,甚至到把針對這些病人族群,把「所有的對的事都作對」。更進一步,要讓團隊所有人能達到上述的品質,才能真正達到醫療品質的提升。

沒有最好只有更好,因此我們面對醫療品質,我們應該要讓「所有人」對「所有對」病人,把所有對的事作對!

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要在Markdown使用mermaid其實很簡單,只有你的編輯器能夠支援即可!我目前使用的Devonthink,只要在preference中開啟支援選項,就可以直接啟動。

使用方式也非常簡單,直接在markdown文中使用「```mermaid」的方式來引用與包圍語法。

舉例來說下面的語法:

flowchart LR subgraph one id1[This is the text in the box] → B[Diamond]
id1 ← two way arrow →F[(Database)]
end
subgraph two
B → C([c1]) -.-> D
B → D[d2] -.-> F
end
```

可以呈現出下列效果:

附上連結可以讓我們快速查閱流程圖的作法。 mermaid — Markdownish syntax for generating flowcharts, sequence diagrams, class diagrams, gantt charts and git graphs.

Markdown格式支持的功能越來越強悍,因此在大部分的場景真得不需要打開Word來處理,做筆記或者簡短文字都可以透過Markdown來處理。現在加上這個功能真得是可以強大的利用markdown處理幾乎80%以上文字處理了!

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